南京大學(xué)的中華民國史研究起步于1974年，是最早涉足該領(lǐng)域的學(xué)術(shù)單位之一。1983年南京大學(xué)歷史研究所設(shè)立中華民國史研究室，利用特殊的地緣與檔案資料優(yōu)勢，著力推進(jìn)學(xué)術(shù)研究。研究室主任張憲文主編的《中華民國史綱》于1985年出版，在海內(nèi)外引起強烈反響。為進(jìn)一步推動民國史研究的發(fā)展，加強學(xué)術(shù)交流，在中央黨史研究室原副主任、著名歷史學(xué)家李新研究員的倡議下，南京大學(xué)中華民國史研究中心(以下簡稱"民國史中心")于1993年6月18日正式成立。2000年9月，民國史中心被教育部評為首批人文科學(xué)重點研究基地。二十多年來，民國史中心在學(xué)術(shù)研究與交流、人才培養(yǎng)等方面取得了很大的成績，已成為海內(nèi)外具有廣泛影響的學(xué)術(shù)研究基地。
自成立以來，民國史中心便具備了獨立、高效的組織架構(gòu)。中心設(shè)有主任一人，歷來由享譽海內(nèi)外的民國史學(xué)科“帶頭人”擔(dān)任，設(shè)有副主任、主任助理若干名，切實負(fù)責(zé)起了中心日常的運行事務(wù)。在硬件方面，中心擁有獨立的教研室、會議室、資料室等活動空間，并為每位中心老師配備了單獨的辦公室及相應(yīng)的硬件設(shè)施；在教學(xué)方面，中心與南京大學(xué)歷史學(xué)院展開了廣泛的合作，為南大本科生、研究生開設(shè)了多門有關(guān)中國近現(xiàn)代史學(xué)科的精品課程，并常年邀請史學(xué)名家開設(shè)講座，中心教職人員也積極走向其他高校、科研機構(gòu)，乃至中小學(xué)課堂，開展了豐富多彩的講學(xué)活動；在研究方面，自成立以來，中心研究人員便本著“為天地立心,為生民立命, 為往圣繼絕學(xué),為萬世開太平”的決心，努力開拓中國近現(xiàn)代史，特別是民國史領(lǐng)域的研究，取得了豐碩的成果。中心下設(shè)中國近現(xiàn)代政治史、經(jīng)濟史、社會史、文化史、區(qū)域史、計量史學(xué)等多個研究方向，既有對傳統(tǒng)史學(xué)之繼承，又有對新史學(xué)領(lǐng)域之探索。
新世紀(jì)以來，中心取得了輝煌的學(xué)術(shù)成就。如十年磨一劍、備受矚目的《南京大屠殺史料集》于2005-2010年由江蘇人民出版社陸續(xù)出版。該史料集共72卷，共約4000萬字，對日本右翼學(xué)者提出的“南京大屠殺虛構(gòu)論”在史實上進(jìn)行了有力的駁斥。對此，日本外務(wù)省和防衛(wèi)省也不得不承認(rèn)，“根據(jù)截至目前公開的文獻(xiàn)等進(jìn)行綜合判斷”，“不能否認(rèn)日軍進(jìn)入南京后，對城內(nèi)非戰(zhàn)斗人員進(jìn)行的殺害或掠奪行為”；2015年4月，由南京大學(xué)榮譽資深教授、中華民國史研究中心榮譽主任張憲文先生和臺北中研院院士張玉法先生聯(lián)合牽頭，組織兩岸四地70多位知名學(xué)者聯(lián)袂打造的《中華民國專題史》十八卷由南京大學(xué)出版社出版；同年，民國史中心還推出了25卷本的《日本侵華圖志》，由山東畫報出版社出版。中心主要刊物《民國研究》已創(chuàng)刊20多年，在國內(nèi)外民國史研究專家學(xué)者的關(guān)注與支持下，產(chǎn)生了良好的社會影響與學(xué)術(shù)效應(yīng)，常年被評為CSSCI來源集刊。